בהתאם להוראות סעיף 46 לפקודת מס הכנסה (נוסח חדש), התשכ"א-1961 (להלן: "הפקודה"), זכאי נישום לקבל זיכוי ממס בגין תרומתו לקרן לאומית או למוסד ציבורי כמשמעותו בסעיף 9(2) לפקודה, אם שר האוצר קבע אותו לעניין זה באישור וועדת הכספים. שיעור הזיכוי הינו בשיעור של 35% מסכום התרומה אם התורם הוא יחיד ובשיעור הקבוע בסעיף 126(א) אם התורם הוא חבר בני אדם, והכל בכפוף להוראות סעיף 46 לפקודה.
בהוראת ביצוע מס' 3/2001 – שומה, מקצועית, משפטית, בנושא "נוהל בדיקה וכללים לקביעת התרת זיכוי ממס בגין תרומה למוסד ציבורי עפ"י סעיף 46 לפקודת מס הכנסה" (להלן: "הוראת הביצוע") נקבע בסעיף 2.2א1 כדלהלן: "כאשר התרומה נעשתה בשווה כסף (כגון: חפצי אומנות, ציוד ומחשבים, נדל"ן) והתורם לא קיבל כל תמורה, זכות או טובת הנאה כנגד התרומה, יינתן זיכוי בגין שווי התרומה. שווי התרומה יקבע ע"י הערכת שמאי שתצורף לקבלה".
במענה לפניות בנוגע לבקשת זיכוי ממס לפי הוראות סעיף 46 לפקודה, במקביל לפטור ממס רווח הון לפי סעיף 97(א)(4) לפקודה או פטור משבח לפי סעיף 61(א) לחוק מיסוי מקרקעין (שבח ורכישה), התשכ"ג1963- (להלן: "חוק מיסוי מקרקעין"), הוחלט כדלהלן: בכפוף לעמידה בהוראות סעיף 46 ו- 97(א)(4) לפקודה והוראות סעיף 61(א) לחוק מיסוי מקרקעין ובכפוף לעמידה בכללים הציבורי.שבהוראת הביצוע, ניתן יהיה לקבל זיכוי על תרומה בשווה כסף, לפי סעיף 46 לפקודה וזאת גם במקרים בהם נדרש על ידי הנישום פטור ממס רווח הון לפי סעיף 97(א)(4) לפקודה או פטור ממס שבח לפי סעיף 61(א) לחוק מיסוי מקרקעין על העברת הנכס הון למוסד הציבורי.